对于商用飞机来说，都是在对流层巡航。一般飞机在对流层下部和平流层运动，也就是从地面到18公里的高度。没有座舱增压装置的飞机和小型喷气式飞机在6公里以下的对流层飞行。大型高速喷气式飞机装有增压装置，可在7-13公里的对流层顶和平流层飞行。这里几乎没有垂直气流运动，所以飞机飞行平稳，空气稀薄，飞行阻力小。因此，飞机可以以更高的速度飞行，既节省燃料，又节省空气。
飞机在哪个层飞行？
平流层平流层从对流层上界开始向上一直到大约55千米高度。该层气温随高度升高而增加,下半部气温随高度增高得少,上半部气温随高度增高得多,到平流层顶可达0主要是因为此层中臭氧含量较多,能强烈吸收紫外线辐射而增温。整层空气几乎没有垂直运动,气流平稳,空气稀薄,水汽含量极少,只有极少数垂直发展相当旺盛的积雨云才能伸展到这一层来,但是空气密度小,飞机的空气动力性能受到影响,操纵时飞机反应慢。
航空器一般活动在对流层和平流层下部,即从地面起到18千米高度之内,没有座舱增压装置的飞机和小型喷气飞机在6千米以下的对流层中飞行,大型和高速喷气客机装有增压装置,可在7-13千米的对流层顶部和平流层中飞行了,这里几乎没有垂直方向的气流运动,飞机飞得平稳,而且空气稀薄,飞行阻空力小,因而飞机可以较高的速度飞行,节约燃料,经济性好。
为什么飞机不能在大气层之上飞行？
现代飞机一般是采用涡扇发动机涡喷发动机涡桨发动机涡轴发动机直升机使用，甚至有最新型超高音速飞行器采用冲压发动机，目前新研发的还有脉冲爆震发动机，这些飞机都是自带燃料也就是还原剂，而不自带氧化剂的飞机。大气层越向上越稀薄，如果飞机无限爬升，到了一定高度会由于空气太稀薄而发生发动机停车。另外，飞机的升力是靠机翼在空气中运动而提供的，升力的大小也和空气的密度有关，空气越稀薄，升力越小，所以如果飞机无限爬升，抛开对发动机的影响，到了一定高度，飞机会失去升力，同样不考虑发动机影响，如果飞机改为和重力相反方向飞的话，会导致燃料快速耗尽。
第三个因素，因为人类驾驶飞机，人类存活需要氧气，但是高度越高，空气越稀薄，所以在不考虑发动机不考虑升力的前提下，飞机中所能为驾驶员乘客提供的氧气量也限制了飞机在太高的高度逗留的时间。第四个因素，因为高度越高气压越低，普通飞机因为要尽量做的很轻，所以耐压能力有限封闭能力也有限，气压过低会导致人体发生很多不利甚至致命的变化，比如肺水肿，甚至因为血管内析出大量氮气导致心脑血管发生空气栓塞等致命危害。
第五个因素，因为高度越高，对太空中的各种电离辐射无法有效屏蔽，会导致人体收到越来越强烈的辐射，不考虑其他因素的情况下，会导致人体患辐射病，甚至由于过量辐射而短期内直接死亡。而人类早就突破了这些障碍发明了火箭发动机，火箭发动机动力非常强劲，自带高效的氧化剂自带高效的还原剂，火箭可以更快速和更安全的将人类送入太空，所以如果想飞出大气层还是要靠火箭。
战略侦察机可以飞很高，而且可以滞空很久，那是因为飞行员穿着航天服驾驶飞机，飞机发动机也经过特殊设计，飞机机体也加入专门应对高空飞行的设计比如翼展特别长，起落架减少为两个，位置也放在机体内，尽量不影响机翼等，所以飞行高度可以很高，但因为考虑到升力和发动机工作要求，高度也有限度。航天飞机和美国商业航天公司所使用的载人航天器也是因为回收方便才设计的像飞机，但其实并不是典型意义上的飞机，它们都加强了机身，以适应超低气压，内部也有提供生命支持的各种设备，他们也使用的是火箭发动机。
为什么飞机要在平流层巡航？
在回答这个问题之前，我们首先要了解地球大气层的分布。根据大气在铅垂方向上的不同特征，大致可分为对流层、平流层、中间层、热层和逃逸层。对流层的气象条件是最复杂的，它们随高度而变化。比如昼夜温差大，雾，雨，雪，雷雨，风切变。大气中存在强对流，包括水平风和垂直风。对流层，以前叫平流层，好多了。
